清华大学深圳国际研究生院目前有3个硕士学位项目和1个博士学位项目招收在职研究生，分别是：清华大学高级财务管理与大数据硕士项目、清华大学医疗管理硕士项目、清华科技创新MBA项目和清华大学创新领军工程博士粤港澳大湾区项目。

高级财务管理与大数据硕士项目旨在适应大数据时代给财务人员带来的机遇与挑战，与资本市场学院合作，注重实践性，全面培养具有数据思维的高级财务管理人才，服务粤港澳大湾区的可持续发展。  

医疗管理专业硕士项目将我国医院及医疗行业管理的现实需求与国际先进的管理理念及手段相结合，引进一批兼具国际视野和本土实践的高水平学科带头人，发展创新了一套适应中国国情的医疗管理领军人才培养模式，旨在全力培养具有国际视野、专业素养、实践能力的医疗管理领军人才，以促进人民大众享有公平可及、优质高效的医疗服务为己任。  

清华科技创新MBA项目由清华大学经济管理学院与清华大学深圳国际研究生院联合培养，基于经管学院30余年开办MBA教育的先进经验，依托清华大学一流的师资团队和强大的行业专家资源，采用管理理论体系学习和专业实践紧密结合的培养模式，旨在培养具有数字金融理念，科技素养和创新精神的未来领导者。

创新领军工程博士粤港澳大湾区项目面向服务于粤港澳大湾区及周边地区的国家重点行业、创新型企业，培养高端创新领军人才，服务粤港澳大湾区创新驱动发展战略。招生的专业学位类别包括电子信息、机械、材料与化工、资源与环境、能源动力、土木水利和生物与医药。