2005年10月，清华—京大环境技术联合研究和教育中心于在清华大学深圳研究生院成立，以促进中日两国在环境领域开展科研教育交流与合作。
2008年，双方的合作扩展到GCOE项目和EML项目，中心成为京都大学GCOE项目和EML项目最重要的海外基地之一，在科技创新和人才培养的国际合作中扮演极为重要的角色。多年来，双方构筑了全方位、宽领域、多层次的合作格局，开展了广泛的人员交流，并创造条件促进年轻学者的成长。
2013年3月2日，清华大学-京都大学环境技术联合研究和教育中心合作备忘录在我院A楼签订。该备忘录以2005年6月10日和2008年9月22日双方签署的备忘录为基础，旨在推动清华—京大环境技术联合研究与教育中心在中日环境技术相关研究和教育领域取得进一步的丰硕成果。
2016年12月11日上午，我院与日本京都大学在A栋415举行环境专业双硕士学位讨论会并签订备忘录,就共同开展环境专业硕士生培养方案及课程设置等方面达成共识。
